En 1100, le dernier vicomte de Bourges Eudes Arpin, vend ses biens au roi de France Philippe 1er pour financer son départ en croisade.
Le jour de Noël 1137, Louis VII est couronné dans la cathédrale romane de Bourges, en présence de sa jeune épouse, Aliénor d'Aquitaine. Lorsque celle-ci se remarie avec Henri II Plantagenêt, ce petit territoire du Berry devient le seul domaine royal au sud de la Loire, face aux possessions du roi d'Angleterre.
Les deux constructions majeures de cette époque, la Grosse Tour et la cathédrale gothique, seront les symboles du pouvoir royal des capétiens et de la puissance des archevêques de Bourges, primats d'Aquitaine.
Prenant en compte le contexte politique et l'extension de la ville, un nouveau système défensif est mis en place entre 1160 et 1190 ; Philippe-Auguste autorise les habitants de Bourges à construire sur l'ancien rempart à partir de 1181.
L'enceinte médiévale - un mur de pierres, taluté et bordé d'un fossé, doublé d'un rempart de terre à l'intérieur - englobe la ville basse et de vastes zones inhabitées (marais et jardins). Les nouvelles portes se situent sur les anciennes voies d'accès, entraînant parfois la construction de ponts fortifiés comme pour la porte Saint-Privé (actuelle rue Edouard Vaillant) et la porte d'Auron.
Sur le côté le plus vulnérable, qui reprend le tracé du mur antique au sud, la construction de la Grosse Tour verrouille la rue Moyenne et condamne l'ancienne porte de Lyon ; la porte Bourbonnoux devient alors l'un des principaux accès à la ville.
La Grosse Tour est peut-être le prototype des donjons de Philippe-Auguste puisqu'elle a été construite en 1189, un an avant le donjon du Louvre. Cet ouvrage militaire, véritable forteresse royale possède ses propres tours, enceintes et fossés, l'isolant de la ville comme de l'extérieur.
Son empreinte au sol est matérialisée aujourd'hui devant la nouvelle mairie.
Figure de proue du domaine capétien face au midi de la France, la nouvelle cathédrale Saint-Etienne se devait d'être unique dans sa conception.
En 1195, l'archevêque Henri de Sully prend la décision de reconstruire la cathédrale, à partir de l'est, dans le nouveau style gothique.
Le choeur s'élève sur une église basse dite à tort "crypte", établie sur le fossé du rempart gallo-romain, qui est alors franchi pour gagner de l'espace. Les caractéristiques architecturales de l'ensemble sont déjà présentes dans le chevet : composition pyramidale, audace de la double volée d'arcs-boutants, correspondant à la recherche des effets de perspective et de fusion des volumes dans l'espace intérieur.
Le successeur d'Henry de Sully, en 1199, l'archevêque Guillaume de Donjon, ancien abbé cistercien, prend une part importante dans le développement du chantier et dans la définition du programme iconographique dont le but est apologétique: la cathédrale dans sa totalité, son décor sculpté, ses vitraux, est une affirmation du dogme, contre les hérésies. En 1209, le décès de Guillaume interrompt le chantier pour quelques années, mais sa canonisation dès 1218 entraîne un afflux de dons de la part des fidèles et des pèlerins.
Le chantier reprend alors avec la construction de la nef à double collatéraux, puis de la façade aux cinq portails ; le gros oeuvre était sans doute terminé dans les années 1230. La tour sud, menacée d'écroulement, est consolidée par un énorme pilier butant dès le début du XIVe siècle.
Les architectes qui ont succédé au premier Maître de Bourges ont su préserver la cohérence et la simplicité apparente du programme et du plan, l'absence de transept contribuant à l'effet d'unité de l'espace.
Le cloître du chapitre se referme autour de la cathédrale et du palais de l'archevêché, d'anciennes églises sont reconstruites, de nouvelles églises sortent de terre, une quinzaine de paroisses se mettent en place pour répondre à l'accroissement démographique. Les ordres mendiants s'implantent avec les Cordeliers (Franciscains), puis les Jacobins (Dominicains), les Augustins, plus tard les Carmes...
La grange-des-dîmes et l'église gothique Saint-Pierre-le-Guillard, témoignent encore aujourd'hui de la richesse architecturale des XIIe et XIIIe siècles à Bourges.
La ville est un chantier de construction, animé d'activités artisanales et de foires annuelles ; autour de la place Gordaine se regroupent un marché, les boucheries et les changes ; les moulins se développent, favorisant notamment le long de l'Yévrette, l'installation de forges et d'ateliers de fabrication du drap et des peaux. Viticulteurs, maraîchers et jardiniers se partagent de larges espaces non bâtis, particulièrement dans le secteur sud-est de la ville.
Bourges est une riche cité dans laquelle les habitants ont acquis des privilèges et les bourgeois des responsabilités pour gérer les biens communs.